Sim, desde que os elementos obrigatórios sejam adicionados aos da fatura regular. Para isso, deve ir a secção Portugal nas configurações de Faturação / Contabilidade:

e ativar a opção Usar faturas como guias de remessa.

Poderá assim, em cada fatura, controlar os Locais e Horas de Carga e Descarga conforme a imagem seguinte. Poderá saber mais sobre o comportamento de cada um dos campos colocando o cursor do rato por cima destes.

A fatura passará a incluir a informação relacionada: